Аберрации числа копий в геноме опухоли молочной железы люминального подтипа B

Abstract

Цель. Описание ландшафта Copy Number Aberration (CNA) опухоли молочной железы люминального подтипа B до лечения. Материалы и методы. В исследование включены 100 больных раком молочной железы (РМЖ) люминального подтипа B, для которых проведен забор биопсийного материала опухоли до проведения неоадъювантной химиотерапии (НХТ). ДНК из опухоли исследована при помощи микроматрицы CytoScan HD Array (Affymetrix, США). Полученные микроматричные данные соотнесены с эффективностью НХТ. Результаты. Показано, что наибольшая частота амплификаций (более чем у 65% больных) наблюдается в следующих локусах: 1q32.1-32.3, 1q41-42.2, 8q24.21. Наибольшая частота делеций (более чем у 60% больных) была обнаружена в локусах 16q21, 16q22.1, 16q23.1-24.1, 17p13.1, 17p12. Трисомия чаще всего наблюдалась в 7-, 8-, 12- и 17-й хромосомах, моносомия - в 3-, 4-, 9-, 11-, 18-й и Х-хромосомах. Ландшафт CNA опухоли молочной железы люминального подтипа В отличается от трижды негативного РМЖ. Наибольшая разница частоты встречаемости амплификаций между больными с объективным ответом на НХТ и больными с отсутствием ответа на НХТ показана в 1q24.2-42.2 локусах (46%), а наибольшая разница частоты встречаемости делеций (более 30%) - между группами в регионах 6q16.3, 11p15.4, 11q23.1, 16q22.2-22.3. Данные локусы могут быть рассмотрены в качестве потенциальных предиктивных маркеров. Заключение. Установлены локусы с наибольшей частотой амплификаций и делеций для рака молочной железы люминального подтипа В. Идентифицированы потенциальные предиктивные маркеры для данного молекулярного подтипа.

Aim. To describe the CNA (Copy Number Aberration) landscape of luminal B breast tumor before treatment. Materials and methods. The study included 100 patients with breast cancer (BC) of luminal B subtype for which a biopsy of the tumor material was performed prior to neoadjuvant chemotherapy (NAC). The tumor DNA was examined using a CytoScan HD Array microarray (Affymetrix, USA). The obtained microarray data were correlated with NAC efficacy.Results. The study showed that loci 1q32.1-32.3, 1q41-42.2, and 8q24.21 had the highest frequency of amplifications (in more than 65% of patients). The highest deletion frequency (in more than 60% of patients) was found in loci 16q21, 16q22.1, 16q23.1-24.1, 17p13.1, and 17p12. Trisomy was most often observed in chromosomes 7, 8, 12, and 17, and monosomy in chromosomes 3, 4, 9, 11, 18, and X-chromosomes. The CNA landscape of luminal B subtype breast tumors is different from triple-negative breast cancer. The largest difference in the frequency of amplifications between patients with an objective response to NAC and patients with no response to NAC was shown in 1q24.2-42.2 loci (46%), and the largest difference in the frequency of deletions (more than 30%) between groups was in regions 6q16. 3, 11p15.4, 11q23.1, and 16q22.2-22.3. These loci can be considered potential predictive markers. Conclusion. The research determined loci with the highest amplification and deletion frequencies for luminal B breast cancer. Potential predictive markers for the given molecular subtype were identified.